Kamijo é um estudante bastante dedicado da Academy City, onde usa-se ciência para desenvolver habilidades sobrenaturais. E isso é uma boa notícia para Index, uma jovem freira fugindo de uma sociedade de feiticeiros que deseja obter os incríveis 103 mil volumes de conhecimento mágico armazenados em sua memória. Quando os caminhos de Index e Kamijo se cruzam, ela ganha um amigo fiel e protetor, e embora Kamijo seja facilmente o garoto mais fraco da Academy City, ele também tem um outro poder: o Imagine Breaker, um poder inexplicável em sua mão direita que lhe permite negar os poderes dos outros.
